Prace nad drugą generacją Fiata Ducato rozpoczęły się już w 1987 roku. Za projekt nadwozia odpowiedzialny był Giorgetto Giugiaro z firmy Ital Design. Nowe Ducato miało być przełomem w zakresie aerodynamiki pojazdów użytkowych, dzięki optymalnej (na tamte czasy) redukcji oporów powietrza. Opływowy przód Ducato drugiej generacji przyczynił się do osiągnięcia wyniku na poziomie Cx=0.35, co było najlepszym rezultatem wśród europejskich vanów w tamtym okresie. Porzucono całkowicie starą stylistykę, podążając z biegiem czasu. Wewnętrznym, roboczym nazewnictwem nowego pojazdu było określenie Typ 230.
Druga generacja Ducato została zaprezentowana po raz pierwszy w marcu 1994 roku na targach w Genewie. Rok później włoski van zdobył pierwsze miejsce w prestiżowym konkursie na najlepszego vana roku (Van Of The Year). Podtrzymane zostały niektóre rozwiązania konstrukcyjne, które sprawdziły się w poprzedniej generacji. Zdecydowano się na zastosowanie napędu przedniego, silnik został umieszczony poprzecznie. Zawieszenie przednie oparto o McPhersony, natomiast z tyłu zachowano sztywną oś na resorach parabolicznych. Postawiono jednak na tworzenie wielu wariacji nadwozia o różnej długości, wysokości i odmiennym rozstawie osi. Zamiast rozwijać Fiata Tolento zdecydowano się po prostu na utworzenie mniejszej, bardziej kompaktowej wersji Ducato II o długości 4521–5681 mm i rozstawie osi 2850–3700 mm. Fiat Ducato II miał z założenia być bardziej nowoczesny, aerodynamiczny i dostosowany do potrzeb jak najszerszego grona klientów. Najczęściej spotykane były wersje z silnikami diesla 1.9D. Na początku dostępna była tylko jedna wersja silnika benzynowego o mocy 109 KM. We wrześniu 2000 roku uruchomiono produkcję Fiata Ducato II w Sete Lagoas w Brazylii.
W 2002 roku Fiat Ducato został zmodernizowany. Poza faceliftingiem karoserii, zmieniono również wnętrze pojazdu i gamę dostępnych silników. Była to również pierwsza wersja Ducato dostępna z napędem 4x4 w wersji fabrycznej. Ponadto rozwinięta została gama silników benzynowych. Nadal były to dwulitrowe jednostki, jednakże wprowadzono wersje zasilane gazem CNG (97 KM) oraz gazem LPG (109 KM). Oznaczeniem wewnętrznym odnowionego dostawczaka było Typ 244. Zmiany były na tyle duże, że wiele osób uznawało odświeżoną wersję za kompletnie nową generację. Najważniejsze elementy pojazdu, takie jak rama i układ jezdny pochodziły jednak z Typu 230 dlatego uznaje się te zmiany jedynie za facelifting. Wszystkie jednostki diesla, które napędzały Ducato II wyposażono we wtrysk Common Rail. Przełożyło się to na obniżenie poziomu spalania, przy jednoczesnym wzroście mocy. Najsilniejsza jednostka generowała moc na poziomie 146 KM. 15 grudnia 2005 roku firma ogłosiła swój wielki sukces. To właśnie tego dnia wyprodukowany został 3-milionowy egzemplarz Fiata Ducato. Ten wynik przyczynił się do zwiększenia produkcji do 9 pojazdów na jeden dzień. Warto nadmienić, że poliftingowa wersja Ducato II cieszyła się taką popularnością w Brazylii, że produkowana była aż do 2018 roku. Było to możliwe, ponieważ w Ameryce Południowej nie występowały żadne restrykcje dotyczące emisji spalin.
